スクリプトを #!/home/taro/usr/bin/perl としてもエラーになります

バーチャルサーバーではお客様のホームデレクトリがルートデレクトリとなってhttpd/ftpd/sendmailなどが動作します。 ですので、/home/ユーザー名/usr/bin/perl ではなく、 /usr/bin/perlと指定してください。

また、スクリプト中での絶対パスはホームデレクトリをルートとする仮想パス名で記述する必要がありますので注意してください。全てのパス名を相対パスで指定するのも良い考えです。